农产品加计扣除1%的计算方法如下：需要确定农产品的销售收入，即销售农产品所得的金额。符合条件的农产品包括：小麦、玉米、大豆、棉花、油菜籽等主要粮食和油料作物，以及鸡蛋、猪肉、牛肉、羊肉等畜禽产品。将销售收入乘以1%（即0.01），得出加计扣除的金额。
农产品加计扣除的原因主要有以下几点：农产品加工的附加值较高。通过对农产品进行深度加工，可以显著提高农产品的附加值，增加农产品的市场竞争力。加计扣除政策鼓励企业增加对农产品的加工投资，提高农产品的技术含量和附加值，进而提升企业的经济效益。促进农业产业升级。
此次税率调整，农产品深加工企业产成品适用税率由17%下调至16%，总体考虑是征税率下调，退税率、扣除率均应同步下调，这样有利于下一步规范增值税制度，减少税收风险。因此将其扣除率也同步下调一个点，确定为12%。
1、法律分析：可以。纳税人购进用于生产销售或委托加工17%（2018年5月1日起调整为16%）税率货物的农产品，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%（2018年5月1日起调整为12%）的扣除率抵扣进项税额。
2、法律分析：可以。购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。法律依据：《中华人民共和国会计法》 第十四条 会计凭证包括原始凭证和记帐凭证。
3、收购农产品取得普通发票可以抵扣。公司纳税人，在购进农产品时收到了流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，抵扣进项税额。
4、法律分析：可以进行抵扣。购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
5、从农业生产者手中购进农产品，企业可以按收购发票注明的买价计算进项税进行抵扣。一般情况下扣除率是9%，如果购进的农产品用于生产13%税率的货物的，在领用当期加计扣除10%的进项税，也就是实际扣除率为10%。
6、一般纳税人从农产品生产者购进农产品取得免税的增值税普通发票，可以计算抵扣进项税额。购进农产品直接销售，或者加工后仍然属于农产品的，对于购进的农产品按照9%扣除率计算抵扣；购进农产品用于加工13%税率产品的，加计扣除2%，即按照11%扣除率计算扣除。