1、收到增值税专用发票，按照发票上注明的税额抵扣增值税，勾选认证抵扣即可，无需额外计算准予抵扣的进项税额。核定扣除是指纳税人按税务机关确定的方法和审定的扣除标准计算当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，而不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。
2、进项税额抵扣比例：通常情况下，农产品的进项税额抵扣比例为一定的百分比，具体比例根据税法规定执行。
3、纳税人以购进农产品为原料生产货物的，适用投入产出法进行核定扣除。
4、正文回答农产品进项税额核定扣除一般指农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法，为加强农产品增值税进项税额抵扣管理，相关部门批准，对财政部和国家税务总局纳入试点范围的增值税一般纳税人购进农产品增值税进项税额，实施核定扣除办法。购进农产品抵扣增值税进项税额的试点纳税人均适用相关法律。
计算公式为：进项税额=买价*扣除率买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。一般纳税人购进农产品抵扣进项税额如下：从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
以增值税专用发票上注明的金额和百分之九扣除率计算进项税额；取得农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和百分之九扣除率计算进项税额；纳税人购进用于生产销售或委托受托加工百分之十三率货物的农产品，以农产品买价和百分之十扣除率计算进项税额。
三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
销项是：价税合计/（1+适用税率）*适用税率；进项是凭票认证上的税额或是计算抵扣。计算抵扣的有：农产品可能抵扣9%，深加工加扣1%，另外通行费电子普通发票；旅客运输的普通发票、火车票、飞机票。
从一般纳税人那里购买农产品，获得9%税率的增值税专用发票，可以凭票扣除，即直接认证扣除；你也可以选择计算扣除额。
一般来说，农产品初加工可以按照增值税一般纳税人的方式缴纳增值税，也可以按照小规模纳税人的方式缴纳增值税。具体缴纳方式需要根据企业的具体情况和税务政策来确定。对于增值税一般纳税人来说，农产品初加工企业需要计算销项税额和进项税额，然后按照差额缴纳增值税。
纳税人销售或者进口下列货物，税率为9%：粮食、食用植物油、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品、图书、报纸、杂志、饲料、化肥、农药、农机、农膜、农业产品、以及国务院规定的其他货物。应交增值税税额等于当期销项税额减去当期进项税额。
农业生产者销售自己生产的农产品或初加工的，免征增值税。
农产品初加工增值税税收优惠政策如下：自产农产品。增值税暂行条例规定，农业生产者销售的自产农产品（包括初加工、农民专业合作社、“公司+农户“经营模式）免征增值税。鲜活肉蛋产品。
b、灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；…如果符合上述税法的规定，对农业生产者自产自销蔬菜的收入免征增值税和企业所得税。
